故事发生在1999年，那个不详的世纪之eee。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。